普通社畜的女友突然失踪，取而代之的是一个只有小拇指大小、自称女友“余念”的精灵。
程序员拓也加班回家，发现同居两年的女友真希留下纸条“我去旅行了”，从此失联。第二天早上，他的左手小拇指上出现一个迷你少女，自称“小手指君”，是真希在分手前最后的“思念结晶”。小手指君只有拓也看得见，会在他按键盘、倒咖啡、甚至擦鼻涕时捣乱，声称要“用一万次恶作剧让拓也后悔”。拓也从嫌弃到渐渐与小手指君日常相处，却偶然发现：真希的分手是因为查出不治之症，而小手指君正是她用自己的头发和最后一封日记上的文字编织出来的“告别程序”。拓也抱着小手指君冲进医院，病床上的真希虚弱一笑：“还是被你发现了。”
堪称年度最清奇的催泪番。将“无法放手的思念”实体化成捣蛋鬼，创意满分。前七集的无厘头日常笑到拍桌，后五集疯狂递刀，但刀里藏糖。它用最童话的方式讲述最现实的离别与重生，强烈建议备足纸巾。
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